สงครามระหว่างยูโรบริทันเนียและสหภาพยุโรปยังคงดำเนินต่อไป คำสั่งใหม่ถูกมอบให้กับหน่วย W-0 ให้ลงจอดในดินแดนของศัตรูเพื่อเบี่ยงเบนความสนใจ นักบินของหน่วย W-0 ประกอบด้วยผู้บังคับบัญชา เลอิล่า ชาวญี่ปุ่นคนเดียวที่รอดชีวิตจากการต่อสู้ครั้งสุดท้าย อากิโตะ และสามคนที่หลบหนีจากเกตโตทั้งสิบเอ็ดและอาศัยอยู่ในโลกใต้ดิน เรียว ยูกิยะ และอายาโนะ ทุกคนต่างคาดหวังในภารกิจของตน ปฏิบัติการจึงดำเนินต่อไป ในอีกด้านหนึ่งของยูโรบริทันเนีย ชิน ผู้ทำให้ผู้มีพระคุณของเขาฆ่าตัวตายด้วยพลังลึกลับของ "กีอัส" ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้นำของอัศวินแห่งเซนต์ไมเคิล ขณะที่ชินค่อยๆ ก้าวหน้าเพื่อความทะเยอทะยานของตัวเอง เขาและผู้ใต้บังคับบัญชาในหน่วยอาชูระก็ได้รับคำสั่งให้ไปประจำการ คนหนึ่งอยู่เพื่อต่อสู้ และอีกคนต่อสู้เพื่อมีชีวิตอยู่