กล่าวถึงตัวเอก ยูกิ มาโคโตะ นักเรียนหน้าใหม่ที่เพิ่งย้ายเข้ามาในโรงเรียนมัธยมปลายบนเกาะแห่งหนึ่งที่มีเรื่องเล่าของ Dark Hour ซึ่งเป็นช่วงเวลาพิเศษหลังเที่ยงคืนที่จะมีสิ่งลึกลับที่เรียกว่า Shadow ออกมาโจมตีมนุษย์ และมีเพียงเหล่าตัวเอกที่มีความสามารถพิเศษในการเรียกเพอร์โซนา (ร่างที่เกิดจากจิตใจ) เท่านั้นที่สามารถต่อกรกับพวกมันได้