ภาพยนตร์ภาคที่สองของซีรีส์ Thunderbolt ที่แฟนๆ รอคอยมานาน โลก แปดเดือนหลังจากสงครามหนึ่งปีสิ้นสุดลง กัปตันโมนิกาเริ่มภารกิจลับ "ปฏิบัติการ Thunderbolt" และเลือกไอโอเป็นนักบินยาน Atlas Gundam เธอเป็นผู้นำยานโจมตี Spartan เข้าสู่ส่วนหนึ่งของมหาสมุทรที่ควบคุมโดย South Seas Alliance เป้าหมายของพวกเขาคือรักษาความปลอดภัยหรือทำลายข้อมูลของ Psycho Zaku ซึ่งตอนนี้ Alliance ครอบครองอยู่ แดริลที่ได้เปรียบในการต่อสู้กับไอโอ ได้ลงมายังโลกในฐานะส่วนหนึ่งของกองกำลังที่เหลือของราชรัฐซีออน เขายังได้รับภารกิจในการรับข้อมูลเกี่ยวกับ Psycho Zaku ด้วย ไอโอต่อสู้เคียงข้างสหายใหม่ของเขาและได้พบกับผู้บัญชาการ Peer ผู้บัญชาการกองทหารรักษาการณ์ชายแดนของ South Seas Alliance โมบิลสูทของ Zeon สหพันธ์ และ South Seas Alliance ต่อสู้กันเองในทะเล บนทุ่งน้ำแข็ง และท่ามกลางป่าทึบ "สงครามยังไม่จบ"